e-Taxで確定申告：配当・特定口座（源泉徴収あり/なし）入力ガイド

「配当の課税方式はどれ？」「特定口座の“源泉徴収あり/なし”で入力が違う？」――初めての方でも迷わないように、e-Tax（確定申告書等作成コーナー）を使った配当・特定口座の入力手順を、画面の流れ順に沿って解説します。
申告分離/総合課税の選択、特定口座年間取引報告書の読み方、マイナポータル連携、そして配当と譲渡損の通算・繰越の注意点をまとめました。

要点（ここだけ押さえればOK）

• 配当の申告方法は総合課税か申告分離を選択（同一年に申告する「上場株式等の配当」は方式を統一）。
• 申告分離なら上場株式等の譲渡損と通算・3年繰越が使える。総合課税なら配当控除が使える（国内配当）。
• 特定口座は「源泉徴収あり」でも他社口座や配当との通算には確定申告が必要。源泉徴収済でも還付が出ることがある。
• 入力は特定口座年間取引報告書の金額を転記。マイナポータル連携を使うと自動入力が使えて便利。
• NISAの損益は通算・申告の対象外（非課税）。

準備物（スマホ写真でもOK）

• 証券会社ごとの特定口座年間取引報告書（配当・譲渡・源泉徴収税額が記載されているもの）
• 配当の年間取引（特定口座に含まれないものがあれば配当計算書）
• マイナンバーカード（マイナポータル連携を使う場合）

Step 1：e-Taxに入る（スマホ/PC共通）

1. 「確定申告書等作成コーナー」を開き、作成開始→提出方法を選択（e-Tax/印刷提出）。
2. 生年月日などの基本情報を入力。
3. トップのメニューで「収入金額等」→「株式等の譲渡/配当」へ進む。

Step 2：配当の課税方式を先に決める

「上場株式等の配当」の課税方法は、総合課税（配当控除の余地）か申告分離（譲渡損との通算）を選択します。
同一年に申告する上場株式等の配当は方式を統一するルールなので、複数証券の配当がある場合も同じ方式を選びます。

迷ったら：
・その年に上場株式等の譲渡損（または繰越損）がある → 申告分離で通算・繰越活用。
・損がない、かつ所得帯が低め → 総合課税＋配当控除の有利不利を試算してみましょう。

Step 3：特定口座の入力（源泉徴収あり/なし）

3-A　マイナポータル連携で自動入力

1. 「マイナポータル連携で取得」を選択。
2. 特定口座年間取引報告書のデータを取得 → 申告に使うデータだけを選択して取り込み。
3. 取り込んだ金額・区分（配当/譲渡/源泉徴収税額）を画面で確認。

※医療費通知や保険料控除証明も同時に取得可能。

3-B　手入力（書面交付・CSVしかない場合）

1. 「特定口座年間取引報告書の入力」を選択。
2. 証券会社名を選び、配当等の額、源泉徴収税額、住民税配当割・特別徴収税額など欄ごとに転記。
3. 複数社ある場合は1社ずつ追加（合算せず、明細ごとに入力）。

Step 4：源泉徴収あり/なしで何が違う？

区分	年内の動き	申告時のポイント
特定口座（源泉徴収あり）	同社内で基本は自動相殺・徴税済	他社口座・他区分（配当/譲渡）との通算や還付には申告が必要。取り込み後に税額が自動再計算
特定口座（源泉徴収なし）	年内の源泉徴収なし	譲渡益・配当の金額と経費を正確に入力。課税方式の選択がそのまま税額に反映

Step 5：配当×譲渡損の通算・繰越の確認

• 申告分離を選んだ配当は、上場株式等の譲渡損と通算可能（配当控除は不可）。
• その年で控除しきれない譲渡損は、申告すれば3年繰越可能（翌年以降も毎年申告が必要）。
• 総合課税を選んだ配当は通算不可だが、配当控除の対象（国内配当）。

Step 6：住民税の扱いと注意

• 上場株式等の配当には「申告不要」もあるが、通算・控除最適化をするなら申告で方式を選ぶ。
• 住民税の選択肢（申告不要/分離/総合）は自治体運用の変更に留意。原則は所得税の方式に整合。

入力チェックリスト

• □ 「配当の課税方法」（総合 or 分離）を統一した
• □ 証券会社ごとの特定口座年間取引報告書を1社ずつ入力/取り込みした
• □ 源泉徴収税額・住民税の特別徴収分も転記した
• □ 譲渡損の通算/繰越が正しく反映されている
• □ NISA・一般口座の扱いを混同していない（NISAは対象外）

ケーススタディ

ケースA：配当と売却損の通算（申告分離）
今年、配当30万円（源泉徴収済）、譲渡損−60万円（他社）。→ 申告で配当を分離にして通算：課税対象0、損失−30万円は翌年以降3年繰越。源泉徴収済みの税金は還付される。

ケースB：損なし・所得帯低め（総合＋配当控除）
配当20万円のみ。→ 総合課税で申告し、配当控除を反映。所得帯によっては実効税率が軽くなる。

ケースC：源泉あり×複数社
A証券で＋40万円（源泉徴収あり）、B証券で−50万円。→ 申告で合算し、自動相殺されなかった分を通算。還付発生の可能性。

よくあるミスTOP5

1. 配当方式の混在：同年に申告する上場株式等の配当を総合と分離で混ぜてしまう。
2. 源泉税額の転記漏れ：還付額が合わない原因に。
3. 特定口座を合算入力：証券会社ごとに1件ずつ入れる。
4. 通算を逃す：損があるのに総合課税を選んでしまい、通算できない。
5. 繰越の連続申告忘れ：前年の損失を繰り越すには毎年申告が必要。

Q&A

Q. 「申告不要」のまま放置してもいい？

A. 通算や配当控除などの最適化をしないなら可能。ただし他社の損益や繰越を使うなら申告をした方が節税や還付などで利益を増やしやすくなるので知識をつけるがおすすめです。

Q. マイナポータル連携で何が取り込める？

A. 証券各社の特定口座年間取引報告書、医療費通知、保険料控除証明など。取り込み後は使うものだけ選択します。

Q. 外国株の配当は？

A. 課税口座で日本側の課税があれば外国税額控除の検討余地。NISA内は国内非課税のため控除は使えません。

公式・一次情報（ブックマーク推奨）

• 作成コーナー：配当の課税方法（総合/分離の選択）
• 国税庁：No.1331 上場株式等の配当（分離課税・通算）
• 作成コーナー：金融・証券税制（特定口座）入力の入口
• e-Tax入力例：利子・配当/特定口座/譲渡損益
• 令和6年分 所得税 確定申告の手引き
• 国税庁（東京）：特定口座はスマホ×e-Taxがおすすめ（自動入力）

最終更新日：2025年11月6日